Dr. Dennis Trede

Research Areas

• Signal and image processing
• Machine learning
• Imaging mass spectrometry
• Wavelet analysis
• Inverse problems

Projects

1. BMBF-MALDI AMK: 3D-MALDI-Imaging zur Analyse proteomischer Marker und klinischer Wirkstofffverteilung (01.04.2011 - 31.07.2014)
2. Three-dimensional metabolic analysis (01.07.2010 - 30.06.2012)
3. Identification of the ethanol concentration out of impedance data (01.01.2009 - 30.04.2009)
4. Development of statistical methods for classification of combustion engines (01.09.2008 - 31.05.2009)
5. BMBF-INVERS: Regularisierung inverser Faltungsgleichungen in Besov-Skalen (01.10.2007 - 30.06.2010)
6. Parameteroptimierung für die High-Content-Analyse (01.12.2005 - 30.09.2007)

Leader of Projects

1. Verfahrweg-Optimierung von Spotting-Prozessen (01.11.2010 - 31.10.2011)

Courses (Selection)complete list

1. Mathematische Methoden der Bild- und Signalverarbeitung (Sommersemester 2013)
2. Mathematik in der Berufspraxis (Wintersemester 2012/2013)
3. Weiterführende Methoden der mathematischen Bildverarbeitung (Sommersemester 2011)
4. Mathematische Methoden der Bildverarbeitung I (Wintersemester 2010/2011)

Theses (Selection)complete list

1. PDE-Ansätze für kantenerhaltendes Entrauschen auf 2D- und 3D-MALDI-Imaging-Daten (Tobias Maas)
2. Methoden der Nichtnegativen Matrixfaktorisierung im MALDI-Imaging (Delf Lachmund)
3. Blind Source Separation für MALDI-Imaging (Jens Behrmann)
4. Klassifikation von akustischen Signalen mit Hilfe der Fourier- und Wavelet-Transformation (Ariela Pagel)
5. Vorwissenbasierende Aktive-Konturen-Methode zur Konturextraktion und Klassifikation (Daniel Köhntopp)

Patents

2. P. Maaß, J. Oetjen, L. Hauberg-Lotte, F. Alexandrov, D. Trede.
   Verfahren zur rechnergestützten Analyse eines oder mehrerer Gewebeschnitte des menschlichen oder tierischen Körpers.
   German Patent and Trade Mark Office DE102014224916A1,
   Number of registration: 1020142249, Date of registration: 04.12.2014.
   Published in patent bulletin no.: on 06.09.2016.
   US Patent & Trademark Office, US 20160163523 A1,
   Anmeldenummer: 14/959967 , Anmeldedatum: 04.12.2014.
   Veröffentlicht am 09.06.2016
   Intellectual Property Office, GB 2535586,
   Anmeldenummer: GB1521058.6, Anmeldedatum: 30.11.2015.
   Veröffentlicht am 24.08.2016
   Institut national de la propriété industrielle, FR 3029671 A1,
   Anmeldenummer: FR1561774, Anmeldedatum: 03.12.2015.
   Veröffentlicht am 10.06.2016
4. D. Trede, P. Maaß, H. Preckel.
   Method for analysing the effect of a test substance on biological and/or biochemical samples.
   US Patent and Trademark Office US2011/0098198 A1,
   Number of registration: 2011009819, Date of registration: 29.04.2009.
   Published in patent bulletin no.: PCT/EP09/55187 on 28.04.2011.
6. D. Trede, P. Maaß, F. Alexandrov.
   Verfahren und Vorrichtung zur rechnergestützten Verarbeitung eines digitalisierten Bildes sowie maschinenlesbarer Datenträger.
   German Patent and Trade Mark Office 10 2011 003 242.8,
   Number of registration: 102011003, Date of registration: 27.01.2011.
   Published in patent bulletin no.: on 02.08.2012.
8. D. Trede, P. Maaß, H. Preckel.
   Verfahren zur Analyse der Wirkung einer Testsubstanz auf biologische und/oder biochemische Proben.
   European Patent Office EP2128815,
   Number of registration: 8155784, Date of registration: 07.05.2008.
   Published in patent bulletin no.: 2009/49 on 02.12.2009.

Publications (Selection)complete list

1. Y. Cordero Hernandez, T. Boskamp, R. Casadonte, L. Hauberg-Lotte, J. Oetjen, D. Lachmund, A. Peter, D. Trede, K. Kriegsmann, M. Kriegsmann, J. Kriegsmann, P. Maaß.
   Targeted Feature Extraction in MALDI Mass Spectrometry Imaging to Discriminate Proteomic Profiles of Breast and Ovarian Cancer.
   Proteomics - Clinical Applications, 1700168 , Wiley, 2018.

   DOI: 10.1002/prca.201700168

2. F. Hoffmann, J. M. Lotz, J. Lotz, S. Heldmann, D. Trede, J. Oetjen, M. Becker, G. Ernst, P. Maaß, F. Alexandrov, O. Guntinas-Lichius, H. Thiele, F. von Eggeling.
   Integration of 3D multimodal imaging data of a head and neck cancer and advanced feature recognition.
   BBA - Proteins and Proteomics, , 2016.

   DOI: 10.1016/j.bbapap.2016.08.018

3. T. Boskamp, D. Lachmund, J. Oetjen, Y. Hernandez-Cordero, D. Trede, P. Maaß, R. Casadonte, J. Kriegsmann, A. Warth, H. Dienemann, W. Weichert, M. Kriegsmann.
   A new classification method for MALDI imaging mass spectrometry data acquired on formalin-fixed paraffin-embedded tissue samples.
   BBA - Proteins and Proteomics, , 2016.

   DOI: 10.1016/j.bbapap.2016.11.003

4. J. Oetjen, K. Veselkov, J. Watrous, J. McKenzie, M. Becker, L. Hauberg-Lotte, J. H. Kobarg, A. K. Mróz, N. Strittmatter, F. Hoffmann, D. Trede, A. Palmer, S. Schiffler, K. Steinhorst, M. Aichler, R. Goldin, O. Guntinas-Lichius, F. von Eggeling, H. Thiele, K. Mädler, A. Walch, P. Maaß, P. C. Dorrestein, Z. Takats, F. Alexandrov.
   Benchmark datasets for 3D MALDI- and DESI-imaging mass spectrometry.
   GigaScience, 4, 2015.

   DOI: 10.1186/s13742-015-0059-4

5. O. Klein, K. Strohschein, G. Nebrich, J. Oetjen, D. Trede, H. Thiele, F. Alexandrov, P. Giavalisco, G. N. Duda, P. Roth von, S. Geissler, J. Klose, T. Winkler.
   MALDI imaging mass spectrometry: Discrimination of pathophysiological regions in traumatized skeletal muscle by characteristic peptide signatures.
   Proteomics, 14(20):2249-2260, 2014.

   DOI: 10.1002/pmic.201400088