Dr. Fedor Alexandrov
Ehemaliger Mitarbeiter der AG TechnomathematikE-Mail: theodore.alexandrov@embl.de
Persönliche Homepage: http://www.embl.de/research/units/scb/alexandrov/members/index.php?s_personId=CP-60020464
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Forschungsgebiete
- Maschinelles Lernen
- Signal- und Bildverarbeitung
- Clustering
- Klassifizierung
- Computational mass spectrometry
- Imaging mass spectrometry
- Natural language processing
- Zeitreihenanalyse
Projekte
- BMBF-MALDI AMK: 3D-MALDI-Imaging zur Analyse proteomischer Marker und klinischer Wirkstofffverteilung (01.04.2011 - 31.07.2014)
- Ermittlung des unbekannten Ethanolgehalts einer Kraftstoff-Ethanolmischung (01.01.2009 - 30.04.2009)
- Entwicklung statistischer Methoden zur Anwendung auf Körperschalldaten von geschleppten Verbrennungsmotoren (01.09.2008 - 31.05.2009)
- BMBF-INVERS: Dekonvolution vs. Shrinkage: Mathematische Methoden für eine verbesserte Peakdetektion (01.10.2007 - 30.06.2010)
- Entdeckung von Biomarkern in MALDI-TOF Massenspektrometrie mittels diskreter Wavelettransformation (15.02.2007 - 31.03.2010)
Leitung von Projekten
- BMBF-INVERS: Dekonvolution vs. Shrinkage: Mathematische Methoden für eine verbesserte Peakdetektion (01.10.2007 - 30.06.2010)
- Entdeckung von Biomarkern in MALDI-TOF Massenspektrometrie mittels diskreter Wavelettransformation (15.02.2007 - 31.03.2010)
Veranstaltungen (Auswahl)
- Machine Learning (Sommersemester 2013)
- Mathematical Methods for Analysis of Hyperspectral Images (Sommersemester 2012)
- Mathematical Methods in Mass Spectrometry (Sommersemester 2011)
- Graduiertenseminar "Scientific Computing in Engineering" (Sommersemester 2011)
- Classification and clustering with applications (Wintersemester 2010/2011)
Abschlussarbeiten (Auswahl)
- Morphological Image Simplification (Benjamin Niroo)
- Effiziente räumlich bewusste Segmentierung von MALDI imaging Datensätzen (Niels Backfisch)
- Nichtnegative Matrixfaktorisierung mit Kullback-Leibler-Divergenz im MALDI-Imaging (Pascal Fernsel)
- Structure Detection in Imaging Mass Spectrometry Data (Andreas Bartels)
- Kernel-based semi-supervised learning (Nicolas Schilling)
Patente
-
P. Maaß, J. H. Kobarg, F. Alexandrov, P. Vandergheynst, M. Goldabaee.
Verfahren zum rechnergestützten Verarbeiten von räumlich aufgelösten Hyperspektraldaten, insbesondere von Massenspektrometriedaten.
Deutsches Patent- und Markenamt DE102013207402A1,
Anmeldenummer: 1020132074, Anmeldedatum: 24.04.2013.
Veröffentlicht in Patenblatt Nr.: am 30.10.2014. -
P. Maaß, J. Oetjen, L. Hauberg-Lotte, F. Alexandrov, D. Trede.
Verfahren zur rechnergestützten Analyse eines oder mehrerer Gewebeschnitte des menschlichen oder tierischen Körpers.
Deutsches Patent- und Markenamt DE102014224916A1,
Anmeldenummer: 1020142249, Anmeldedatum: 04.12.2014.
Veröffentlicht in Patenblatt Nr.: am 06.09.2016.
US Patent & Trademark Office, US 20160163523 A1,
Anmeldenummer: 14/959967 , Anmeldedatum: 04.12.2014.
Veröffentlicht am 09.06.2016
Intellectual Property Office, GB 2535586,
Anmeldenummer: GB1521058.6, Anmeldedatum: 30.11.2015.
Veröffentlicht am 24.08.2016
Institut national de la propriété industrielle, FR 3029671 A1,
Anmeldenummer: FR1561774, Anmeldedatum: 03.12.2015.
Veröffentlicht am 10.06.2016 -
D. Trede, P. Maaß, F. Alexandrov.
Verfahren und Vorrichtung zur rechnergestützten Verarbeitung eines digitalisierten Bildes sowie maschinenlesbarer Datenträger.
Deutsches Patent- und Markenamt 10 2011 003 242.8,
Anmeldenummer: 102011003, Anmeldedatum: 27.01.2011.
Veröffentlicht in Patenblatt Nr.: am 02.08.2012. -
F. Alexandrov.
Bestimmung von Gewebezuständen mittels bildgebender Massenspektrometrie.
Deutsches Patent- und Markenamt,
Anmeldenummer: 20100225.
Zur Veröffentlichung eingereicht.
Publikationen (Auswahl)
- J. Oetjen, D. Lachmund, A. Palmer, F. Alexandrov, M. Becker, T. Boskamp, P. Maaß.
An approach to optimize sample preparation for MALDI imaging MS of FFPE sections using fractional factorial design of experiments.
Analytical and Bioanalytical Chemistry, 408(24):6729-40, 2016. - F. Hoffmann, J. M. Lotz, J. Lotz, S. Heldmann, D. Trede, J. Oetjen, M. Becker, G. Ernst, P. Maaß, F. Alexandrov, O. Guntinas-Lichius, H. Thiele, F. von Eggeling.
Integration of 3D multimodal imaging data of a head and neck cancer and advanced feature recognition.
BBA - Proteins and Proteomics, , 2016. - J. Oetjen, K. Veselkov, J. Watrous, J. McKenzie, M. Becker, L. Hauberg-Lotte, J. H. Kobarg, A. K. Mróz, N. Strittmatter, F. Hoffmann, D. Trede, A. Palmer, S. Schiffler, K. Steinhorst, M. Aichler, R. Goldin, O. Guntinas-Lichius, F. von Eggeling, H. Thiele, K. Mädler, A. Walch, P. Maaß, P. C. Dorrestein, Z. Takats, F. Alexandrov.
Benchmark datasets for 3D MALDI- and DESI-imaging mass spectrometry.
GigaScience, 4, 2015. - C. Song, M. Mazzola, X. Cheng, J. Oetjen, F. Alexandrov, P. C. Dorrestein, J. Watrous, M. van der Voort, J. M. Raaijmakers.
Molecular and chemical dialogues in bacteria-protozoa interactions.
Scientific Reports, Article ID 12837 5, 2015.DOI: 10.1038/srep12837
- G. Ernst, O. Guntinas-Lichius, L. Hauberg-Lotte, D. Trede, M. Becker, F. Alexandrov, F. von Eggeling.
Histomolecular interpretation of pleomorphic adenomas of the salivary gland by matrix-assisted laser desorption ionization imaging and spatial segmentation.
Head & Neck, 37(7), 2014.DOI: 10.1002/hed.23713