Dr. Dennis Trede

Forschungsgebiete

• Signal- und Bildverarbeitung
• Maschinelles Lernen
• Imaging mass spectrometry
• Wavelet-Analysis
• Inverse Probleme

Projekte

1. BMBF-MALDI AMK: 3D-MALDI-Imaging zur Analyse proteomischer Marker und klinischer Wirkstofffverteilung (01.04.2011 - 31.07.2014)
2. Räumlich dreidimensional aufgelöste Stoffwechsel-Analyse für die Medizin (01.07.2010 - 30.06.2012)
3. Ermittlung des unbekannten Ethanolgehalts einer Kraftstoff-Ethanolmischung (01.01.2009 - 30.04.2009)
4. Entwicklung statistischer Methoden zur Anwendung auf Körperschalldaten von geschleppten Verbrennungsmotoren (01.09.2008 - 31.05.2009)
5. BMBF-INVERS: Regularisierung inverser Faltungsgleichungen in Besov-Skalen (01.10.2007 - 30.06.2010)
6. Parameteroptimierung für die High-Content-Analyse (01.12.2005 - 30.09.2007)

Leitung von Projekten

1. Verfahrweg-Optimierung von Spotting-Prozessen (01.11.2010 - 31.10.2011)

Veranstaltungen (Auswahl)vollständige Liste

1. Mathematische Methoden der Bild- und Signalverarbeitung (Sommersemester 2013)
2. Mathematik in der Berufspraxis (Wintersemester 2012/2013)
3. Weiterführende Methoden der mathematischen Bildverarbeitung (Sommersemester 2011)
4. Mathematische Methoden der Bildverarbeitung I (Wintersemester 2010/2011)

Abschlussarbeiten (Auswahl)vollständige Liste

1. PDE-Ansätze für kantenerhaltendes Entrauschen auf 2D- und 3D-MALDI-Imaging-Daten (Tobias Maas)
2. Methoden der Nichtnegativen Matrixfaktorisierung im MALDI-Imaging (Delf Lachmund)
3. Blind Source Separation für MALDI-Imaging (Jens Behrmann)
4. Klassifikation von akustischen Signalen mit Hilfe der Fourier- und Wavelet-Transformation (Ariela Pagel)
5. Vorwissenbasierende Aktive-Konturen-Methode zur Konturextraktion und Klassifikation (Daniel Köhntopp)

Patente

2. P. Maaß, J. Oetjen, L. Hauberg-Lotte, F. Alexandrov, D. Trede.
   Verfahren zur rechnergestützten Analyse eines oder mehrerer Gewebeschnitte des menschlichen oder tierischen Körpers.
   Deutsches Patent- und Markenamt DE102014224916A1,
   Anmeldenummer: 1020142249, Anmeldedatum: 04.12.2014.
   Veröffentlicht in Patenblatt Nr.: am 06.09.2016.
   US Patent & Trademark Office, US 20160163523 A1,
   Anmeldenummer: 14/959967 , Anmeldedatum: 04.12.2014.
   Veröffentlicht am 09.06.2016
   Intellectual Property Office, GB 2535586,
   Anmeldenummer: GB1521058.6, Anmeldedatum: 30.11.2015.
   Veröffentlicht am 24.08.2016
   Institut national de la propriété industrielle, FR 3029671 A1,
   Anmeldenummer: FR1561774, Anmeldedatum: 03.12.2015.
   Veröffentlicht am 10.06.2016
4. D. Trede, P. Maaß, H. Preckel.
   Method for analysing the effect of a test substance on biological and/or biochemical samples.
   US Patent and Trademark Office US2011/0098198 A1,
   Anmeldenummer: 2011009819, Anmeldedatum: 29.04.2009.
   Veröffentlicht in Patenblatt Nr.: PCT/EP09/55187 am 28.04.2011.
6. D. Trede, P. Maaß, F. Alexandrov.
   Verfahren und Vorrichtung zur rechnergestützten Verarbeitung eines digitalisierten Bildes sowie maschinenlesbarer Datenträger.
   Deutsches Patent- und Markenamt 10 2011 003 242.8,
   Anmeldenummer: 102011003, Anmeldedatum: 27.01.2011.
   Veröffentlicht in Patenblatt Nr.: am 02.08.2012.
8. D. Trede, P. Maaß, H. Preckel.
   Verfahren zur Analyse der Wirkung einer Testsubstanz auf biologische und/oder biochemische Proben.
   Europäisches Patentamt EP2128815,
   Anmeldenummer: 8155784, Anmeldedatum: 07.05.2008.
   Veröffentlicht in Patenblatt Nr.: 2009/49 am 02.12.2009.

Publikationen (Auswahl)vollständige Liste

1. Y. Cordero Hernandez, T. Boskamp, R. Casadonte, L. Hauberg-Lotte, J. Oetjen, D. Lachmund, A. Peter, D. Trede, K. Kriegsmann, M. Kriegsmann, J. Kriegsmann, P. Maaß.
   Targeted Feature Extraction in MALDI Mass Spectrometry Imaging to Discriminate Proteomic Profiles of Breast and Ovarian Cancer.
   Proteomics - Clinical Applications, 1700168 , Wiley, 2018.

   DOI: 10.1002/prca.201700168

2. T. Boskamp, D. Lachmund, J. Oetjen, Y. Hernandez-Cordero, D. Trede, P. Maaß, R. Casadonte, J. Kriegsmann, A. Warth, H. Dienemann, W. Weichert, M. Kriegsmann.
   A new classification method for MALDI imaging mass spectrometry data acquired on formalin-fixed paraffin-embedded tissue samples.
   BBA - Proteins and Proteomics, , 2016.

   DOI: 10.1016/j.bbapap.2016.11.003

3. F. Hoffmann, J. M. Lotz, J. Lotz, S. Heldmann, D. Trede, J. Oetjen, M. Becker, G. Ernst, P. Maaß, F. Alexandrov, O. Guntinas-Lichius, H. Thiele, F. von Eggeling.
   Integration of 3D multimodal imaging data of a head and neck cancer and advanced feature recognition.
   BBA - Proteins and Proteomics, , 2016.

   DOI: 10.1016/j.bbapap.2016.08.018

4. J. Oetjen, K. Veselkov, J. Watrous, J. McKenzie, M. Becker, L. Hauberg-Lotte, J. H. Kobarg, A. K. Mróz, N. Strittmatter, F. Hoffmann, D. Trede, A. Palmer, S. Schiffler, K. Steinhorst, M. Aichler, R. Goldin, O. Guntinas-Lichius, F. von Eggeling, H. Thiele, K. Mädler, A. Walch, P. Maaß, P. C. Dorrestein, Z. Takats, F. Alexandrov.
   Benchmark datasets for 3D MALDI- and DESI-imaging mass spectrometry.
   GigaScience, 4, 2015.

   DOI: 10.1186/s13742-015-0059-4

5. O. Klein, K. Strohschein, G. Nebrich, J. Oetjen, D. Trede, H. Thiele, F. Alexandrov, P. Giavalisco, G. N. Duda, P. Roth von, S. Geissler, J. Klose, T. Winkler.
   MALDI imaging mass spectrometry: Discrimination of pathophysiological regions in traumatized skeletal muscle by characteristic peptide signatures.
   Proteomics, 14(20):2249-2260, 2014.

   DOI: 10.1002/pmic.201400088