Dr. Fedor Alexandrov

Forschungsgebiete

• Maschinelles Lernen
• Signal- und Bildverarbeitung
• Clustering
• Klassifizierung
• Computational mass spectrometry
• Imaging mass spectrometry
• Natural language processing
• Zeitreihenanalyse

Projekte

1. BMBF-MALDI AMK: 3D-MALDI-Imaging zur Analyse proteomischer Marker und klinischer Wirkstofffverteilung (01.04.2011 - 31.07.2014)
2. Ermittlung des unbekannten Ethanolgehalts einer Kraftstoff-Ethanolmischung (01.01.2009 - 30.04.2009)
3. Entwicklung statistischer Methoden zur Anwendung auf Körperschalldaten von geschleppten Verbrennungsmotoren (01.09.2008 - 31.05.2009)
4. BMBF-INVERS: Dekonvolution vs. Shrinkage: Mathematische Methoden für eine verbesserte Peakdetektion (01.10.2007 - 30.06.2010)
5. Entdeckung von Biomarkern in MALDI-TOF Massenspektrometrie mittels diskreter Wavelettransformation (15.02.2007 - 31.03.2010)

Leitung von Projekten

1. BMBF-INVERS: Dekonvolution vs. Shrinkage: Mathematische Methoden für eine verbesserte Peakdetektion (01.10.2007 - 30.06.2010)
2. Entdeckung von Biomarkern in MALDI-TOF Massenspektrometrie mittels diskreter Wavelettransformation (15.02.2007 - 31.03.2010)

Veranstaltungen (Auswahl)vollständige Liste

1. Machine Learning (Sommersemester 2013)
2. Mathematical Methods for Analysis of Hyperspectral Images (Sommersemester 2012)
3. Mathematical Methods in Mass Spectrometry (Sommersemester 2011)
4. Graduiertenseminar "Scientific Computing in Engineering" (Sommersemester 2011)
5. Classification and clustering with applications (Wintersemester 2010/2011)

Abschlussarbeiten (Auswahl)vollständige Liste

1. Morphological Image Simplification (Benjamin Niroo)
2. Effiziente räumlich bewusste Segmentierung von MALDI imaging Datensätzen (Niels Backfisch)
3. Nichtnegative Matrixfaktorisierung mit Kullback-Leibler-Divergenz im MALDI-Imaging (Pascal Fernsel)
4. Structure Detection in Imaging Mass Spectrometry Data (Andreas Bartels)
5. Kernel-based semi-supervised learning (Nicolas Schilling)

Patente

2. P. Maaß, J. H. Kobarg, F. Alexandrov, P. Vandergheynst, M. Goldabaee.
   Verfahren zum rechnergestützten Verarbeiten von räumlich aufgelösten Hyperspektraldaten, insbesondere von Massenspektrometriedaten.
   Deutsches Patent- und Markenamt DE102013207402A1,
   Anmeldenummer: 1020132074, Anmeldedatum: 24.04.2013.
   Veröffentlicht in Patenblatt Nr.: am 30.10.2014.
4. P. Maaß, J. Oetjen, L. Hauberg-Lotte, F. Alexandrov, D. Trede.
   Verfahren zur rechnergestützten Analyse eines oder mehrerer Gewebeschnitte des menschlichen oder tierischen Körpers.
   Deutsches Patent- und Markenamt DE102014224916A1,
   Anmeldenummer: 1020142249, Anmeldedatum: 04.12.2014.
   Veröffentlicht in Patenblatt Nr.: am 06.09.2016.
   US Patent & Trademark Office, US 20160163523 A1,
   Anmeldenummer: 14/959967 , Anmeldedatum: 04.12.2014.
   Veröffentlicht am 09.06.2016
   Intellectual Property Office, GB 2535586,
   Anmeldenummer: GB1521058.6, Anmeldedatum: 30.11.2015.
   Veröffentlicht am 24.08.2016
   Institut national de la propriété industrielle, FR 3029671 A1,
   Anmeldenummer: FR1561774, Anmeldedatum: 03.12.2015.
   Veröffentlicht am 10.06.2016
6. D. Trede, P. Maaß, F. Alexandrov.
   Verfahren und Vorrichtung zur rechnergestützten Verarbeitung eines digitalisierten Bildes sowie maschinenlesbarer Datenträger.
   Deutsches Patent- und Markenamt 10 2011 003 242.8,
   Anmeldenummer: 102011003, Anmeldedatum: 27.01.2011.
   Veröffentlicht in Patenblatt Nr.: am 02.08.2012.
8. F. Alexandrov.
   Bestimmung von Gewebezuständen mittels bildgebender Massenspektrometrie.
   Deutsches Patent- und Markenamt,
   Anmeldenummer: 20100225.
   Zur Veröffentlichung eingereicht.

Publikationen (Auswahl)vollständige Liste

1. J. Oetjen, D. Lachmund, A. Palmer, F. Alexandrov, M. Becker, T. Boskamp, P. Maaß.
   An approach to optimize sample preparation for MALDI imaging MS of FFPE sections using fractional factorial design of experiments.
   Analytical and Bioanalytical Chemistry, 408(24):6729-40, 2016.

   DOI: 10.1007/s00216-016-9793-4

2. F. Hoffmann, J. M. Lotz, J. Lotz, S. Heldmann, D. Trede, J. Oetjen, M. Becker, G. Ernst, P. Maaß, F. Alexandrov, O. Guntinas-Lichius, H. Thiele, F. von Eggeling.
   Integration of 3D multimodal imaging data of a head and neck cancer and advanced feature recognition.
   BBA - Proteins and Proteomics, , 2016.

   DOI: 10.1016/j.bbapap.2016.08.018

3. J. Oetjen, K. Veselkov, J. Watrous, J. McKenzie, M. Becker, L. Hauberg-Lotte, J. H. Kobarg, A. K. Mróz, N. Strittmatter, F. Hoffmann, D. Trede, A. Palmer, S. Schiffler, K. Steinhorst, M. Aichler, R. Goldin, O. Guntinas-Lichius, F. von Eggeling, H. Thiele, K. Mädler, A. Walch, P. Maaß, P. C. Dorrestein, Z. Takats, F. Alexandrov.
   Benchmark datasets for 3D MALDI- and DESI-imaging mass spectrometry.
   GigaScience, 4, 2015.

   DOI: 10.1186/s13742-015-0059-4

4. C. Song, M. Mazzola, X. Cheng, J. Oetjen, F. Alexandrov, P. C. Dorrestein, J. Watrous, M. van der Voort, J. M. Raaijmakers.
   Molecular and chemical dialogues in bacteria-protozoa interactions.
   Scientific Reports, Article ID 12837 5, 2015.

   DOI: 10.1038/srep12837

5. O. Klein, K. Strohschein, G. Nebrich, J. Oetjen, D. Trede, H. Thiele, F. Alexandrov, P. Giavalisco, G. N. Duda, P. Roth von, S. Geissler, J. Klose, T. Winkler.
   MALDI imaging mass spectrometry: Discrimination of pathophysiological regions in traumatized skeletal muscle by characteristic peptide signatures.
   Proteomics, 14(20):2249-2260, 2014.

   DOI: 10.1002/pmic.201400088