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Zentrum für Technomathematik

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Dr. Tobias Boskamp

Ehemaliger Mitarbeiter der AG Technomathematik


Projekte

  1. Studie zur Qualitätsbewertung, Standardisierung und Reproduzierbarkeit von Daten der bildgebenden MALDI-Massenspektrometrie – MALDISTAR (01.07.2019 - 30.06.2022)
  2. Neuronale Netze im MALDI Imaging (seit 01.10.2016)
  3. BMBF-MaDiPath: Massenspektrometrisches Profiling/Grading für onkologische Routineanwendungen der digitalen Pathologie (01.10.2015 - 30.09.2018)
  4. Qualitätsbewertung von MALDI-Imaging-Daten (seit 01.04.2015)
  5. Nicht-negative Matrix-Faktorisierung mit A-priori-Wissen (seit 01.12.2014)
  6. Entwicklung eines Digital-Staining-Verfahrens als pathologisch-histologisches Diagnosewerkzeug auf Basis der MALDI-Imaging-Technologie (01.07.2014 - 30.06.2016)

Veranstaltungen (Auswahl)vollständige Liste

  1. Computerpraktikum (Wintersemester 2019/2020)
  2. Modellierungsseminar (Teil 2) (Wintersemester 2019/2020)
  3. Modellierungsseminar (Teil 1) (Sommersemester 2019)
  4. Oberseminar Mathematische Datenanalysie in der Bioinformatik (Wintersemester 2019/2020)
  5. Oberseminar Mathematische Datenanalyse in der Bioinformatik (Sommersemester 2019)

Abschlussarbeiten (Auswahl)vollständige Liste

  1. Uniqueness of Non-negative Matrix Factorisation applied to MALDI-Imaging Data (Leïa Westerheide)
  2. Zur Äquivalenz orthogonaler NMF und K-Means (Jan Hochmann)
  3. Nichtnegative Matrixfaktorisierung mit MM-Algorithmen im MALDI-Imaging (Pascal Fernsel)
  4. Classification Methods for Mass Spectrometry Data with Application to Tumor Typing (Christian Etmann)

Publikationen (Auswahl)vollständige Liste

  1. T. Boskamp, D. Lachmund, R. Casadonte, L. Hauberg-Lotte, J. H. Kobarg, J. Kriegsmann, P. Maaß.
    Using the chemical noise background in MALDI mass spectrometry imaging for mass alignment and calibration.
    Analytical Chemistry, 92(1):1301-1308, 2020.

    DOI: 10.1021/acs.analchem.9b04473
    online unter: https://doi.org/10.1021/acs.analchem.9b04473

  2. F. Lieb, T. Boskamp, H. Stark.
    Peak detection for MALDI mass spectrometry imaging data using sparse frame multipliers.
    Journal of Proteomics, 103852 225, Elsevier, 2020.

    DOI: 10.1016/j.jprot.2020.103852

  3. O. Klein, F. Fogt, S. Hollerbach, G. Nebrich, T. Boskamp, A. Wellmann.
    Classification of Inflammatory Bowel Disease from Formalin‐Fixed, Paraffin‐Embedded Tissue Biopsies via Imaging Mass Spectrometry.
    Proteomics - Clinical Applications, 190131 , Wiley, 2020.

    DOI: 10.1002/prca.201900131

  4. C. Etmann, M. Schmidt, J. Behrmann, T. Boskamp, L. Hauberg-Lotte, A. Peter, R. Casadonte, J. Kriegsmann, P. Maaß.
    Deep Relevance Regularization: Interpretable and Robust Tumor Typing of Imaging Mass Spectrometry Data.
    Zur Veröffentlichung eingereicht.

    online unter: https://arxiv.org/abs/1912.05459

  5. J. Behrmann, C. Etmann, T. Boskamp, R. Casadonte, J. Kriegsmann, P. Maaß.
    Deep Learning for Tumor Classification in Imaging Mass Spectrometry.
    Bioinformatics, 34(7):1215-1223, Oxford University Press, 2018.

    DOI: 10.1093/bioinformatics/btx724