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Zentrum für Technomathematik

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Dr. Tobias Boskamp

Ehemaliger Mitarbeiter der AG Technomathematik


Projekte

  1. Studie zur Qualitätsbewertung, Standardisierung und Reproduzierbarkeit von Daten der bildgebenden MALDI-Massenspektrometrie – MALDISTAR (01.07.2019 - 30.06.2022)
  2. Neuronale Netze im MALDI Imaging (seit 01.10.2016)
  3. BMBF-MaDiPath: Massenspektrometrisches Profiling/Grading für onkologische Routineanwendungen der digitalen Pathologie (01.10.2015 - 30.09.2018)
  4. Qualitätsbewertung von MALDI-Imaging-Daten (seit 01.04.2015)
  5. Nicht-negative Matrix-Faktorisierung mit A-priori-Wissen (seit 01.12.2014)
  6. Entwicklung eines Digital-Staining-Verfahrens als pathologisch-histologisches Diagnosewerkzeug auf Basis der MALDI-Imaging-Technologie (01.07.2014 - 30.06.2016)

Veranstaltungen (Auswahl)vollständige Liste

  1. Oberseminar Mathematische Datenanalysie in der Bioinformatik (Wintersemester 2019/2020)
  2. Computerpraktikum (Wintersemester 2019/2020)
  3. Modellierungsseminar (Teil 2) (Wintersemester 2019/2020)
  4. Modellierungsseminar (Teil 1) (Sommersemester 2019)
  5. Oberseminar Mathematische Datenanalyse in der Bioinformatik (Sommersemester 2019)

Abschlussarbeiten (Auswahl)vollständige Liste

  1. Uniqueness of Non-negative Matrix Factorisation applied to MALDI-Imaging Data (Leïa Westerheide)
  2. Zur Äquivalenz orthogonaler NMF und K-Means (Jan Hochmann)
  3. Nichtnegative Matrixfaktorisierung mit MM-Algorithmen im MALDI-Imaging (Pascal Fernsel)
  4. Classification Methods for Mass Spectrometry Data with Application to Tumor Typing (Christian Etmann)

Publikationen (Auswahl)vollständige Liste

  1. J. Le Clerc Arrastia, N. Heilenkötter, D. Otero Baguer, L. Hauberg-Lotte, T. Boskamp, S. Hetzer, N. Duschner , J. Schaller , P. Maaß.
    Deeply Supervised UNet for Semantic Segmentation to Assist Dermatopathological Assessment of Basal Cell Carcinoma.
    MDPI Journal of Imaging, 71 7(4), Meisenbach Verlag, Bamberg, 2021.

    DOI: 10.3390/jimaging7040071

  2. T. Boskamp, D. Lachmund, R. Casadonte, L. Hauberg-Lotte, J. H. Kobarg, J. Kriegsmann, P. Maaß.
    Using the chemical noise background in MALDI mass spectrometry imaging for mass alignment and calibration.
    Analytical Chemistry, 92(1):1301-1308, 2020.

    DOI: 10.1021/acs.analchem.9b04473
    online unter: https://doi.org/10.1021/acs.analchem.9b04473

  3. F. Lieb, T. Boskamp, H. Stark.
    Peak detection for MALDI mass spectrometry imaging data using sparse frame multipliers.
    Journal of Proteomics, 103852 225, Elsevier, 2020.

    DOI: 10.1016/j.jprot.2020.103852

  4. O. Klein, F. Fogt, S. Hollerbach, G. Nebrich, T. Boskamp, A. Wellmann.
    Classification of Inflammatory Bowel Disease from Formalin‐Fixed, Paraffin‐Embedded Tissue Biopsies via Imaging Mass Spectrometry.
    Proteomics - Clinical Applications, 190131 , Wiley, 2020.

    DOI: 10.1002/prca.201900131

  5. C. Etmann, M. Schmidt, J. Behrmann, T. Boskamp, L. Hauberg-Lotte, A. Peter, R. Casadonte, J. Kriegsmann, P. Maaß.
    Deep Relevance Regularization: Interpretable and Robust Tumor Typing of Imaging Mass Spectrometry Data.
    Zur Veröffentlichung eingereicht.

    online unter: https://arxiv.org/abs/1912.05459